هیات امنا، متشکل از وزیران فرهنگ کشورهای عضو موسسه، دبیرکل سازمان همکاری اقتصادی (اکو) و رئیس موسسه فرهنگی اکو می باشد. هیات امنا بالاترین مرجع تصمیم گیری موسسه است که سیاست های کلان، برنامه ها و بودجه موسسه را مورد بررسی قرار داده و به تصویب می رساند.

جناب آقای شمس الدین ارومبیک زاده، وزیر محترم فرهنگ تاجیکستان که ریاست دوره دو ساله هیات امنا را بر عهده دارد، در سخنرانی خود اظهار داشت: تاریخ به ما آموخته ‌است که بیشتر خشونت و درگیری‌ها و افزایش افراط‌گری و جریان‌های ناسالم، نتیجه بی‌توجّهی و نادیده گرفتن ارزش‌های فرهنگی بوده‌ است. با توجّه به این نکته، ضروری است که ما بار دیگر جهت ارتقای سطح دانش و فرهنگ مردمان منطقه دست بر دست یكد‌یگر دهیم و از طریق گسترش فرهنگ دیرینه و جاودانه شرق با هر گونه خشونت و افراط مقابله کنیم. وی همچنین برگزاری ششمین جلسه وزرای فرهنگ اعضای مؤسسه فرهنگی اکو در ایّام نوروز را به فال نیک گرفته و از آنجا که «این جشن در همه کشور‌های عضو این مؤسسه با شکوه خاص تجلیل می‌گردد آن را گواه مشترکات فرهنگی، تاریخی و گذشته برجسته و درخشان منطقه اکو» دانست.

جناب آقای افتخارحسین عارف، رئیس موسسه فرهنگی اکو گزارش تفصیلی سیاست ها، برنامه ها و فعالیت های اخیر موسسه فرهنگی اکو و چشم انداز برنامه های آن در آینده را به این نشست ارائه نمود. وی با توجه به اینکه مشترکات فرهنگی بین ملل منطقه اکو یکی از مفاهیم اساسی منجر به شکل گیری پیمان ازمیر به عنوان سند پایه سازمان همکاری اقتصادی (اکو) است، بر اهمیت توسعه مراودات فرهنگی بین مردم منطقه در ابعاد مختلف و ضرورت مشارکت کلیه نهادهای فرهنگی و هنری کشورهای عضو این سازمان تاکید نمود.

جناب آقای سفیر محمدرضا حاجی کریم جباری، مدیراجرایی موسسه فرهنگی اکو، ضمن هدایت امور دبیرخانه ای اجلاس، به دفعات به ایراد سخن پرداخته و به سوالات متعدد آیین نامه ای و محتوایی هیئت ها پاسخ گفت. اهمیت موسسه در پیشبرد همکاری های فرهنگی در منطقه، راهبردها، سیاست ها و برنامه های موسسه، مقایسه کمی و کیفی فعالیت ها طی دو سال گذشته با سال های قبل، بحران مالی و سهمیه ها و سایر مسایل تشکیلاتی و سازمانی از جمله نکات مورد اشاره مدیراجرایی بود.

در اجلاس ششم هیات امنای موسسه فرهنگی اکو همچنین بیانیه خجند نیز به تصویب رسید. این بیانیه مشتمل بر تاکید همه اعضا بر ضرورت تقویت همکاری های گسترده فرهنگی بین کشورهای عضو سازمان همکاری اقتصادی (اکو)، حمایت از سیاست ها و برنامه های موسسه و توصیه های هیات امنا برای پیشبرد برنامه های فرهنگی، هنری در منطقه اکو است.

در نشست خجند، هیات های نمایندگی افغانستان، ایران، پاکستان، تاجیکستان و سازمان همکاری اقتصادی (اکو) حضور داشتند. نشست های قبلی هیات امنای موسسه فرهنگی اکو از سال 2001 به ترتیب در شهرهای تهران، اسلام آباد، تهران، مزارشریف و کابل برگزار شده بود.